Les mercredis du Comité - "Enjeux et difficultés de la paléogénétique" - Céline BON

Résumé Bref

Ce texte présente la paléogénétique, une discipline en plein essor qui étudie l'ADN ancien pour reconstituer l'histoire des populations passées. Il aborde les enjeux, les difficultés et les limites de cette science, tout en soulignant son potentiel pour éclairer les relations de parenté, les migrations et l'évolution des populations humaines.

  • La paléogénétique se base sur l'analyse de l'ADN extrait de restes biologiques anciens, tels que les squelettes.
  • L'ADN ancien est souvent dégradé, fragmenté et contaminé, ce qui pose des défis méthodologiques importants.
  • Malgré ces difficultés, la paléogénétique permet de reconstituer le sexe, l'apparence et les relations de parenté des individus anciens, ainsi que de retracer les migrations et les métissages des populations.

Introduction

Céline Bon, paléo généticienne et anthropologue, présente un exposé sur la paléogénétique, une discipline en plein développement qui suscite de nombreux débats et se retrouve fréquemment dans les articles de vulgarisation scientifique. Elle explique qu'il est impossible de faire un panorama complet des données accumulées ces dernières années, mais qu'elle souhaite plutôt développer la méthode, comprendre ce qu'est la paléogénétique, ses limites et ses difficultés.

Bases de la Paléogénétique

La paléogénétique se base sur des restes biologiques, principalement des squelettes retrouvés sur des sites archéologiques. Ces squelettes fournissent des informations biologiques sur les individus, telles que leur âge au décès, leur état de santé et leur sexe biologique. Ces données sont ensuite mises en regard avec les données culturelles associées aux restes. Depuis quelques dizaines d'années, de plus en plus de sciences s'intéressent aux données microscopiques, moléculaires et atomiques présentes dans ces échantillons. La datation au carbone 14 a permis de préciser les datations archéologiques. L'analyse des isotopes permet de retracer l'alimentation et l'origine géographique des individus. L'ADN apporte des informations sur l'origine populationnelle, les relations de parenté, le sexe biologique et les caractéristiques phénotypiques.

L'ADN : Support de l'Information Génétique

L'ADN est une information transmise de génération en génération, expliquant l'hérédité et les caractères. Cette molécule, en forme de double hélice, est constituée de quatre bases (A, T, C, G) dont l'ordre détermine une séquence. Cette séquence est transmise de génération en génération et porte l'information génétique. L'ADN contient des gènes, qui codent pour des protéines responsables des traits phénotypiques. Les variants dans ces gènes expliquent les différences entre les individus. L'ADN est également intéressant car il est transmis de génération en génération avec de légères modifications, permettant de retracer les ancêtres communs des individus.

Structure et Transmission de l'ADN

L'ADN est organisé en chromosomes, dont 23 paires chez l'humain. Chaque paire est constituée d'un chromosome hérité du père et d'un chromosome hérité de la mère. Les chromosomes sexuels (X et Y) déterminent le sexe biologique de l'individu. Le chromosome Y est transmis uniquement par le père, tandis que le chromosome X est transmis de manière biparentale. Le génome mitochondrial, plus petit, est transmis uniquement par la mère. En exploitant ces différentes sources d'information, il est possible de retracer les relations de parenté et les événements démographiques.

La Notion de Population en Génétique

En génétique, une population est un ensemble d'individus qui ont tendance à se reproduire entre eux. L'étude génétique des populations permet d'obtenir des informations sur les individus qui la composent et l'histoire de leurs ancêtres. En génétique moderne, on étudie les individus dont les quatre grands-parents appartiennent à la même population et qui ne sont pas apparentés. En paléogénétique, cette approche est plus difficile en raison de la non-représentativité des populations inhumées, des problèmes de conservation de l'ADN et du manque d'informations sur l'apparentement et l'origine des individus. De plus, les individus étudiés peuvent appartenir à des générations différentes et ne pas avoir eu la possibilité de se croiser. La définition de la population est souvent basée sur des critères archéologiques et culturels, qui ne correspondent pas toujours à la réalité biologique. La définition d'une population peut varier en fonction de l'échelle géographique, linguistique, culturelle ou religieuse.

Extraction et Dégradation de l'ADN Ancien

L'un des principaux défis de la paléogénétique est la dégradation de l'ADN au cours du temps. La putréfaction entraîne la disparition des tissus riches en ADN, ne laissant que les ossements. La quantité d'ADN diminue avec le temps, et sa préservation est d'autant plus faible que le climat est chaud et humide. Les fragments d'ADN se réduisent en taille et leur séquence change en raison de mutations. De plus, l'ADN ancien est souvent contaminé par de l'ADN environnemental (bactéries, champignons) et de l'ADN humain contemporain. Pour éviter ces problèmes, les analyses paléogénétiques sont réalisées dans des laboratoires spécifiques, avec des mesures de protection strictes pour éviter la contamination.

Méthodes de Laboratoire et Analyse des Données

L'extraction de l'ADN ancien se fait à partir d'une petite quantité de poudre d'os. La matrice osseuse est détruite et l'ADN est purifié et concentré. L'ADN est ensuite préparé pour le séquençage, qui permet de déterminer l'ordre des paires de bases. Les séquences obtenues sont alignées sur un génome de référence pour identifier les régions d'intérêt. L'analyse des données permet de déterminer le sexe biologique des individus en fonction du nombre de fragments d'ADN correspondant aux chromosomes X et Y.

Détermination des Relations de Parenté

L'analyse de l'ADN permet de déterminer les relations de parenté biologique entre les individus. Les enfants héritent de la moitié du patrimoine génétique de leur père et de la moitié de leur mère. En comparant l'ADN de différents individus, il est possible d'estimer leur degré de parenté. Cette approche a été utilisée pour étudier un couple d'adolescents retrouvés enlacés dans une sépulture du néolithique, et a permis de déterminer qu'il s'agissait de deux frères. La paléogénétique permet ainsi de comparer la parenté biologique et la parenté sociale, mais elle est limitée aux relations de parenté proches (deuxième ou troisième degré).

Génétique des Populations et Analyse des Composantes Principales

La comparaison des génomes anciens avec les génomes disponibles dans les bases de données permet de retracer l'histoire des populations et leur origine. L'analyse en composantes principales (ACP) est une méthode descriptive qui permet de représenter les individus sur une figure en fonction de leurs différences génétiques. Cette approche a été utilisée pour étudier les individus du site de Manage Tepe et a révélé qu'ils étaient intermédiaires entre les chasseurs-cueilleurs du sud Caucase et les premières populations d'agriculteurs d'Anatolie. Ces analyses permettent de quantifier l'importance des migrations et des métissages dans l'histoire des populations.

Reconstitution du Phénotype et Adaptation

L'ADN contient des gènes qui codent pour des traits phénotypiques, ce qui permet de reconstituer l'apparence des individus anciens. Cependant, le lien entre l'ADN et l'apparence est complexe et dépend également de l'environnement. En Europe, les populations actuelles sont issues d'un métissage entre trois populations aux phénotypes différents : les chasseurs-cueilleurs mésolithiques, les premiers agriculteurs néolithiques et les populations des steppes antiques. La paléogénétique permet également d'étudier l'évolution du fonctionnement des organismes en réponse à des changements culturels et de mode de vie, comme l'adaptation à la digestion du lait à l'âge adulte.

Conclusion

La paléogénétique est une discipline jeune et en plein développement, qui permet de reconstituer les caractères phénotypiques, les origines et les événements démographiques des populations anciennes. Elle se situe à l'intersection des disciplines historiques, archéologiques et biologiques. De nombreuses pistes de développement sont en cours, notamment pour améliorer la précision de la comparaison des populations, comprendre l'évolution des structures sociales et déterminer l'âge au décès des individus.

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Transcription

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0:08 bien et bien nous avons commencé je souhaite à toutes et à tous la bienvenue à ce mercredi du comité organisé par le comité des travaux historiques et scientifiques le cdh s je suis heureux d'accueillir ce soir céline bon qui est paléo généticienne anthropologue maître de conférences au muséum national d'histoire naturelle de paris et qui enfin et membre de la section préhistoire protohistoire du comité des travaux historiques et scientifiques je vous remercie ces lignes pour d'avoir accepté de présenter ce mercredi du comité ce soir à mercredi qui sera

0:53 consacrée au thème en enjeux et difficultés de la paléogénétique donc d'écouter jour je vous laisse la parole et jour merci à vous d'avoir accepté d'intervenir ce soir merci beaucoup et bonsoir à tous et à toutes je suis très heureuse d'être parmi vous ce soir pour vous parler donc non pas d'une problématique ou d'une thématique scientifique mais d'une discipline la paléogénétique qui actuellement est en est en plein développement et qui fait souvent la la à la une forcément mais qui provoque un certain nombre de débats et se retrouve beaucoup dans les articles de diffusion de vulgarisation scientifique il ya tellement de données qui ont été accumulées au cours de ces dernières années sur la paléogénétique que je ne peux pas vous faire un panorama complet

1:40 des informations des données scientifiques que cette discipline a pu apprendre à porter ça va du génome de néandertal est la description de tout un ensemble de migration et de métissage dans l'histoire humaine de la découverte de nouvelles espèces humaines comme dennis aura jusqu'à la reconstitution du fait le type d'individu anciens donc on va pas pouvoir entrer dans tous ces détails là mais je voudrais ici surtout développé la méthode comprendre ce que c'est que la paléogénétique qu'est-ce qu'on étudie quand on fait des études paléogénétique quelles en sont les limites quelles en sont les difficultés qu'elles en sont quand même un certain nombre d'informations qu'on peut qu'on peut retrouver et que je vais détailler en particulier avec un exemple actuellement en cours d'étude au laboratoire donc déjà

2:27 sur quoi se base la paléogénétique balle à palau génétique est de se base sur des restes biologique des restes humains est ce qu'on va retrouver le plus fréquemment sur des sites archéologiques a cédé squelette comme vous pouvez le voir ici et en soit ces squelettes apporte déjà énormément d'informations puisque on va avoir des données biologiques sur des individus qui sont nuls et donc à quel âge quel âge ils sont morts quel était leur état de santé est ce qu'on peut voir sur lorsque l'aide des traces d'usures particulière qu'elle était pour des adultes leur sexe biologique si les bassins sont bien conservées on va pouvoir mettre ça en regard avec les données culturelles qui sont en contact ou à proximité de ces restes d'anciens et depuis quelques dizaines d'années au lieu de juste

3:13 d'écrire les squelettes quelle façon macroscopique et il ya de plus en plus de science qui vont s'intéresser aux données microscopique aux données moléculaires ou données atomique à l'intérieur de ces échantillons la plus connue la plus ancienne c'est pouvoir dater l'origine molécules biologiques avec le carbone 14 qui a quand même permis de donner un cadre extrêmement bien plus précis au datation archéologiques des sites archéologiques d'autres données qui vont s'intéresser là aussi aux différents isotopes des atomes vont pouvoir retracer des informations sur l'alimentation des individus leur alimentation pour dans l'enfance leur alimentation pendant l'âge adulte on voir de plus en plus de

3:58 données qui s'intéressent signe à l'origine géographique le substrat géologiques sur le cas des individus ont passé telle ou telle période de lens là où l'adn va être un peu différent c'est les informations qui vont nous apporter vont être très nombreuses très variés que ce soit l'origine de populationnelle de ces individus que ce soit les relations de parenté biologique entre ces individus le sexe biologique est également des caractéristiques phénotypiques et on reviendra surtout surtout ces enjeux donc à partir d'une seule et même molécule on va pouvoir obtenir une foule d'informations sur la d'origine et la vie de ces individus alors déjà quand on fait de l'adn on s'intéresse donc à une information qui

4:45 est l'information génétique et une information génétique en fait on a connu bien avant on découvre ce qu est l adn en information génétique c'est le nom on a donné à une information transmise de génération en génération les qui explique hérédité les caractères si je ressemble à mon père c'est parce que on a une information qui a été transmise par mon père à moi et que j'ai transmise à mes enfants qui explique pourquoi on a la même forme dieu ou ou la même couleur de cheveux il a fallu le milieu il a fallu le début du 20e siècle jusqu'au milieu du xxème siècle pour comprendre que cette information a été portée par les molécules qui est la molécule d'adr et cette molécule adn qui à cette forme en double hélice que je faisais représenté ici c'est une molécule qui finalement est assez simple comme un peu une

5:30 échelle 1 qu'il tournerait sur elle même avec des montants et au milieu des barreaux et des barreaux il en existe de quatre sortes à tc où j'ai qui se font face l'un à l'autre et en déterminant l'ordre dans lequel ces molécules à tester objets s'enchaînent et ben on va obtenir une séquence et 7 la manière dont ces molécules atc bouger sanchez n'est pas du tout aléatoire c'est elle qui est transmise de génération en génération et qui porte cette information génétique alors cette information elle est intéressante à 12 deux aspects le premier aspect c'est qu'elle va contenir des gènes qui sont un peu comme si l'adn était un mouvement se livrent les gènes seraient des chapitres qui cote pour des protéines et qui sont responsables des traits fenty

6:15 qui donc de la manière dont je vais avoir plus ou moins tendance à prendre du poids est ce que je suis capable de digérer le lactose à l'âge adulte mais ce que j'ai la peau plutôt clair ou plutôt la peau foncée la couleur de mes yeux etc etc et comme on porte pas tous la même séquence il existait des variants des positions qui vont différer entre les individus et ses variantes qui vont expliquer pourquoi certains individus ont-elles très phénotypiques et d'autres individus ou tel autre trait phénotypiques donc une bonne partie d'information de ce à quoi ressemble comment fonctionne notre organisme est codé à l'intérieur de cette année et la laine nous intéresse aussi parce que bah justement elle est transmise c'est une information qui est transmise de génération en génération avec un tout petit peu de modifications alors quand je dis un tout petit peu de modifications c'est pour un génome de 3

7:02 milliards de lettres on va avoir en moyenne quelques dizaines de différences qui vont être accumulé d'une génération à l'autre autour de 30 40 50 1 modifications qui vont être qu'ils vont être transmises d'une génération à l'autre ajouté d'une génération et le fait qu'on ait cette transmission de génération en génération d'une transmission qui fait conservative ça va faire que des individus qui vont partager des ancêtres communs proches voient avoir moins de différences on avoir un génome l'adn qui est plus proche que des individus qui vont partager des ancêtres communs éloigne et une bonne partie de tout ce qu'on appelle la génétique génétique évolutive génétique des populations ça va d'essayer de retracer ces partages de variants en commun est ce que ça peut

7:48 nous apprendre sur l'histoire des populations les ancêtres communs que les individus qui ont étudié ou partager alors quand on parle de l'adn souvent au collège ce qu'on va montrer aux enfants ou aux collégiens ça va être ce genre de ce genre de figure c'est à dire d'un cargo team l'ensemble des chromosomes qui vont constituer notre à d et dans l'espèce humaine on a un caryotype à 23 paires de chromosomes donc à chaque fois un chromosome et terry tu proviens du père un chromosome provient de la merde pour ça qu'ils vont par deux et dans ses paires de chromosomes on en a 22 qui sont des autos zones qui ont bien cette transmission biparentales c'est à dire que à chaque génération on va transmettre la moitié de cette paire à

8:34 la génération suivante on a quelques crocs zones qui sont assez particulier sur les chromosomes sexuels qui vont avoir un déterminer quel va être le sexe biologique de l'individu donc si un individu et xx son sexe biologique va être femelles sur l'individu et xy sans sexe biologique va être mal et ses chromosomes sont transmis en tout cas pour celui qui va donc déterminer le sexe man le y de transmission unis parental puisque il est forcément donné par le en mal c'est à dire le père et l'enfant qui va le posséder alors va être va être un gars robot va être qu'on a forcément une transmission de père en fils alors je dis il ya toujours en biologie on a toujours des exceptions qu'il existe quelques rares cas les individus peuvent être xy mais grâce ou

9:19 à cause d'une mutation sur certains des gènes de y vont quand même avoir un fait les tifs femelle mais c'est extrêmement rare mais restons sur le principe général le grec et sur une transmission d'une parental de parentis et le ixe avoir une transmission un peu particulier vu qui va être de façon biparentales chez les verts on va transmettre un mélange des deux chromosomes x a à nouveau à nos enfants et il va être de transmission unis parental transmis tel quel de père en fille et puis il ya toujours un dernier petit bout du gène aux conques on oublie généralement parce qu'il est vraiment très petit 1 ce génome laddh que je vous présente 3 2 milliards de lettres de paires de base le génome mitochondrial lui il est beaucoup plus petit fait seulement dix sept mille paires de base il est circulaire au lieu d'être

10:05 linéaire comme les autres chromosomes met lui aussi à une transmission unis parental de mère à enfant c'est à dire au moment de la fécondation les mitochondries les chromosomes mitochondriaux dr du spermatozoïde sont détruits elles ne sont conservées que des chromosomes mitochondriaux de l'ovule donc de là donc on a un peu c est cette triple exemple de transmission si on va s'intéresser au creusot otomo on va avoir des informations qui proviennent des deux côtés de l'arbre généalogique si on s'intéresse au chromosome y on a des informations qui proviennent que la lignée paternelle si on s'intéresse au chromosome y au congrès galles on a des informations qui proviennent que de la lignée matin donc en exploitant ses différentes sources d'information on va pouvoir retrouver retracer les relations de parenté qui peuvent différer suivre

10:50 les événements démographie qui peuvent différer entre les hommes et les femmes alors un terme que j'ai introduit les que je n'ai pas encore vraiment défini pour l'instant c'est la population finalement quand on fait de la génétique on parle de celle éthique des populations je faisais déjà introduit la notion de population et qu'est ce que c'est que cette population by population sinon en tout cas en génétique parce qu'on peut avoir plusieurs définitions mais en tout cas en génétique c'est un ensemble d'individus qui vont montrer une unité de reproduction c'est à dire que les membres d'une population vont avoir tendance à se croiser plutôt les uns avec les autres qu'avec des individus d'autres populations ils peuvent se croiser avec des individus d'autres populations ils le font donc c'est pas comme une espèce ou là on ne peut pas se baser avec les membres d'une autre espèce on peut se croiser avec les

11:36 membres d'une autre population mais on a plutôt tendance à avoir des enfants avec les membres de sa population ce qui fait qu'au final la population on peut l'apprendre à plein des échelles différentes et je reviendrai sur c'est sur ces notions quand on fait de la génétique et bien à partir de cette population qui va nous donner donc plein d'informations sur les individus qui la composent et l'histoire de leurs ancêtres on va pas étudié tout le monde on va souvent nos cibles et déjà que les individus dont les quatre grands parents appartiennent à la même population pour éviter tout le bruit ou toutes les informations superflu qui peuvent être liées à des événements récents combats en plus choisir des individus qui ne sont pas apparentés comme je voulais 10 des individus qui sont apparentés vont avoir des variants en commun donc on va exploiter plus grande diversité au sein

12:22 de la population si on a des individus qui ne sont pas apparentés et puis ensuite on va faire un échantillonnage aléatoire représentatif est-ce qu'on a des ailes anciens cette approche peut être fait de façon similaire bas de façon beaucoup plus difficile en fait déjà parce que la population et lui mais n'est pas forcément représentatif de la population civile alors bien sûr à certaines périodes on a une assez bonne corrélation entre la population qui est inhumé dans un cimetière et la population existante ancien qui a réellement réellement existé par exemple au moyen-âge quasiment tout le monde avait accès à un même processus aucune erreur c'est pas forcément le cas pour toutes les périodes déjà parce qu'on peut avoir plusieurs modes de traitement du cadavre donc qui n'eut mation qui l'incinération

13:07 qui exposition or c'est assez difficile d'extraire de l'adn ancien d'ossements qui ont été brûlés donc nous on avait un ancien on a forcément accès uniquement quasiment uniquement aux individus qui ont été enterrés et puis parce que ba la préservation des eaux et du matériel osseux et pas du tout la même dans les différents cas donc on va déjà avoir un billet de qui a été inhumé au sein de la population anciennes ensuite on va avoir un problème de conservation de l'adn sur lequel je vais revenir plus en détail tout à l'heure mais tu es qu'on peut pas avoir accès à des informations génétiques pour l'ensemble des individus d'un d'une nécropole peut supposer que là c'est quelque chose qui a à peu près aléatoire on n'a pas vraiment de billets à 70 et

13:54 puis on va assez rarement à 20 enfants a accès à des médecins en formation l'apparentement on va on déterminera seulement a posteriori mais avant d'analyser les individus on ne sait pas s'ils vont être apparentés ou non et si on va avoir une information que l'on tente on ne sait pas si tel individu à bien ses quatre grands-parents qui appartenait à la même population aussi c'est un migrants récents ou issue d'un métissage récents échos chine elle n'est pas forcément idéal pour répondre à la question qu'on se pose donc on a ses difficultés qui se posent dans l'adn ancien comparativement aux études de génétique des populations au delà et puis je vous ai dit une population c'est des individus qui peuvent se croiser les uns avec les autres or autant quand on va à échantillonner dans un village en asie centrale on a des individus qui appartiennent peu ou prou la même

14:39 génération ou à sète une génération d'écart quand on va étudier des restes humains qu'on va retrouver dans une nécropole on a d un certain nombre de générations qui va différencier les différents individus coup qu'on étudiait donc au final les individus certains ne se sont jamais croisées donc n'aurait pas eu cette possibilité de se croiser les uns avec les autres est ce que c'est vraiment une population dans le sens qu'on étudie habituellement en génétique des populations c'est l'une des difficultés que mona canton quand on étudie l'adn ancien et puis enfin qu'est-ce qu'on va labelliser comme étant la population des politiques la population de la céramique cordée par exemple bah on va labelliser à partir de données archéologiques de

15:26 données culturelles mais on n'est pas tout à fait certain elle c'est là que l'adn ancien de biens peut parfois apporter d'été des données assez original est-ce qu'on a un bon recouvrement entre ces catégories culturelles ces catégories et les catégories la catégorie biologique d'appartenance à la même population je vous ai dit un cette population va pouvoir la définir à différentes échelles donc ne serait-ce qu'en adn en adn modem tout ce qui va faire une barrière à la reproduction une barrière ou mariage va pouvoir définir différentes populations ça peut être une échelle géographique d'éloignement on a plus de chance quand on habite à paris de se marier avec un autre parisien qu'avec un niçois on a plus de chances de se marier avec un français qu'avec un

16:12 italien ou avec un autre européen qu'avec un asiatique par exemple on va avoir ses critères de définition d'une population qui sont purement d'éloignement géographique mais on va pouvoir aussi avoir d'autres critères qui vont rentrer en ligne de compte le fait de parler la même langue cécile it facilite les mariages et on a vu dans dans des études qui ont été menées au laboratoire en asie centrale compte se marier parfois plus facilement avec des gens qui parlent la même langue et qui habite à 1000km qu'avec le voisin qui habite à quelques kilomètres mais qui parlent une langue différente qui a une culture différente mixer ces critères culturels linguistiques vont avoir une importance extrêmement l'exploit élevé dans la définition de la population d'autres critères tels que la religion par exemple aussi pouvoir intervenir sur sur sur la définition de

17:00 la population on a d un ancien bassin là aussi on est on est face à ces à ces difficultés donc souvent le critère qui va être utilisé va être plus tard du site archéologique des individus qui sont retrouvés sur le même site archéologique on va considérer qu'ils appartiennent à la même population et donc on va pas forcément les regrouper avec des individus qui pourraient appartenir à la même culture archéologiques mais située à quelques kilomètres quelques dizaines de kilomètres de là ce qui est très utile quand on l'étude il des cultures pour lesquelles on la dizaine d'individus qui sont enterrés dans une nécropole ce qui est bien plus problématique quand on a des ossements épars et on ne sait pas forcément de les rapprocher les rapporter une population

17:45 de faciès de façon aussi simple on utilise aussi souvent les critères de la culture archéologique avec ce gros ce problème qu'on peut avoir des critères céramique des critères culturels qui ne correspond pas forcément plus tard populationnelle si on prend aujourd'hui la présence de bouteilles de coca cola pour définir des populations on va se retrouver un petit peu embêté vu qu'on va en retrouver dans plein de deux populations parfois très éloignés génétiquement pareil sur telle ou telle pratique funéraire position lors de l'inhumation et c est le dernier point c'est qu'au sein d'un site parfois sur le même la même nécropole on va pouvoir avoir plusieurs populations qui ne se marient pas forcément les uns avec les autres ont peu à voir l'exemple par exemple des citoyens et des esclaves qui vont être enterrées au même endroit mais

18:33 paf ou à proximité dans les mêmes lieux géographiques n'est pas forcément appartenir à la même population génétique l'intérêt c'est qu'après une fois qu'on a obtenu ces données génétiques on peut essayer de revenir à aux critères de catégorisation qu'on a utilisées initialement pour pouvoir les discuter et regardez où sont les différences entre les différents critères de catégorisation une fois qu'on a donc ses échantillons on a essayé de les catégoriser on va essayer donc d'extraire de retrouver l'adn l'information génétique au sein de ces chantiers est l'un des gros soucis combat c'est que cette année elle se dégrade au cours du temps la première dégradation elle est assez évidente c'est la putréfaction c'est à dire qu'on va voir disparaître les tissus les plus riche en adn on a conservé à la fin que

19:19 des ossements or les ossements il n'y a pas énormément de cellules à l'intérieur il n'y a pas énormément d'adr si je devais faire une étude génétique sur des populations modernes je leur demanderai pas de le donner un os déjà que ce sera un peu compliqué mais c'est pas le tissu à partir duquel j'aurai le plus de chances de récupérer de l'adn de bonne qualité empalot génétique on fait avec ce qu'on a et une seconde à dans l'immense majorité des cas c'est c'était sont alors bien sûr il ya quelques exceptions on peut parfois retrouvé des mots ming dans la loi unification le processus de modification on va préserver ses tissus qui sont les chanabé en réserve et ses tissus qui sont riche en adn alors ça a été le cas par exemple pour aussi cette scène comique été retrouvé dans un glacier à la frontière entre l'italie et

20:04 l'autriche qui datait de la fin du néolithique et pour lequel effectivement les tissus richard labelle était très bien préserver l'adn de petit a pu être séquencés avec énormément de succès mais c'est pas parce qu'on a une bonne préservation des tissus riche en adn qu'on a une bonne préservation de l'adn en soi puisque d'autres d'autres facteurs vont intervenir mais typiquement les momies égyptiennes ont été conservés dans un climat qui est extrêmement chaud les momies des tours pierre qui ont été conservés dans un milieu très acide vont avoir un adn extrêmement dégradée et quasiment inexploité comme les momies c'est toujours mieux si ce sont des momies qui ont été conservés par le froid et non pas par d'autres facteurs la photonique et environnementaux on a donc cette

20:51 diminution ensuite de la quantité d adn jusqu'à la disparition complète alors souvent une grande question c'est jusqu'à quand on peut retrouver de l'adn le génome le plus ancien qui était séquencer un génome de mammouth qui date d'un peu plus d'un million d'années c'est un peu la limite et théoriques et pratiques qui a été observé sur sur emballés au génétique donc impossible de retrouver de l'adn de dinosaures on situe sur des échelles de temps qu'ils sont beaucoup plus importantes ce qu'il faut savoir quand même c'est que cette diminution de la dll est d'autant plus rapide que le climat dans lequel les échantillons sont conservés et chaud et humide et que donc ces échantillons avec de l'adn présent siens ont été retrouvés dans le pergélisol donc dans ce sol qui reste gelé en permanence et qui donc qui donc

21:37 est plus propice à la préservation d'années dans des climats tempérés on a une préservation de l'adn sur quelques dans les meilleurs des cas sur quelques dizaines de milliers d'années dans les climats chauds on a une préservation l'adn qui va plutôt se compte en centaines d'années l'autre difficulté qu'on va avoir ça va être la diminution de la taille des fragments d'adn et ngc dit le génome ses 3 5 2 milliards de paires de bases ou des fragments d'adf qu'on récupère en adn anciens il faut quelques dizaines de paires de bases qui sont beaucoup plus courts et puis on a d'autres difficultés qui est la séquence en elle-même change avec dès qu'on appelle mutations ces vertes et les cytokines une de ces lettres est fréquemment remplacée par une timide ce qui nous pose un certain nombre de difficultés méthodologiques et d'incertitudes sur la séquence qu'on obtient alors grâce à ça ou à cause de

22:24 ça il ya énormément de énormément de méthode qui se sont développées justement pour essayer à la fois aux laboratoires et ensuite en analyse des séquences pour essayer de contrebalancer ces effets de la dégradation d'année dernier problème c'est que si j'ai extrait l'adn de cet individu ici à retrouver sur ce site archéologique je vais retrouver ben si j'ai de la chance son adn à lui endogène je vais surtout retrouver de l'adn environnementale des bactéries des champignons tous les micro-organismes présents dans le sol qui vont constituer jusqu'à 90 à 99 % des fragments d'un adn que l'on séquence ce qui fait que les analyses génétiques nécessite de séquencer dix ou cent fois plus de données que si on

23:11 des analyses génétiques nécessite de séquencer dix ou cent fois plus de données que si on faisait une analyse génétique normale sur de l'adn moderne on a un coût qui est beaucoup plus élevé d analyse paléogénétique par rapport aux analyses génétiques sur les populations actuelles ce qu'on fait pour essayer d'éviter ces problèmes là bas c'est on va travailler sur des échantillons bien particulier du squelette losc et re des fascines dedans qui sont moins perméables à la halo et donc à l'adn environnementale qui peut se retrouver dans les fruits qui circulent autour du autour du skate et le dernier problème qui est un problème difficile à envisager a posteriori c'est le problème de l'adn humain contaminants ici c'est à dire que quand les fouilles sont effectuées elles

23:57 sont effectuées par des humains qui ont leur propre génome qui est très similaire au génome des individus qui de fouilles avec seulement très peu de différence et on a toujours à risque s'ils laissent leur matériel génétique a eu sur les échantillons qu'on étudie on a toujours le risque de d'étudier la bnd fugger ou des personnes des humains actuels qui ont manipulé les champignons là plutôt que l'adn de l'humain anciens si nous intéresse moi j'ai fait ma thèse sur l'ours des cavernes ça me serait pas venu à l'idée de donner mais ossements bourse à manipuler à des ours bruns actuel d'avoir un ours brun dans le laboratoire au moment où j'étais en train de faire les expériences quand on travaille sur de l'humain et ben on

24:43 est forcément avec un autre humain dans la pièce d'autres humains qui vont étudier donc donc on a cette difficulté supplémentaire alors on essaye d'avoir de rajouter plein de mesures de de protection pour éviter ces contaminations surtout qu on a du mal à différencier cette année demain moderne de l'adn humain anciens donc par exemple demander aux gens de ne pas manipuler les ossements à mains nues de mettre des gants de porter un masque alors on a été un peu aidé par l'écologie de la jav ou de porter un masque d'éviter de toucher à mains nues les échantillons et nous au laboratoire on va travailler dans des laboratoires spécifique pour de l'adn ancien qui sont en surpression pour éviter d'entrer matériel génétique provenant de l'extérieur qui sont exposés aux uv toutes les nuits on va travailler sur

25:30 ces paillasse sont ainsi enfermés dans une sorte d' armoire où là aussi on va avoir des mesures de de sécurité d exposition aux uv entre chaque expérience etc et on va travailler avec avec une plein de protection alors pas nous on se protège pas des échantillons anciens ils sont pas toxiques mais on va protéger les échantillons anciens de nos propres contamination avec une combinaison intégrale et charlotte barasc double paire de grands donc on est un petit peu paranoïaque de six compagnies nation mais c'est parfois dommage d'avoir détruit une partie d'un échantillon humain d'avoir consacré beaucoup de temps beaucoup d'argent et se rendent compte à la fin que des pas exploitable par ce que il est trop contaminés

26:15 comment est ce qu'on fait justement dans ce laboratoire va première étape c'est d'extraire l'adn de l'échantillon anciens donc pour ça on va réduire en poudre une partie de l'os alors pas beaucoup et on va prendre 50 à 100 mg en général des quantités qui sont très faibles mais c'est vrai qu'il faut avoir en tête que cette analyse à l'aide destructive par nature mais puisqu'on peut pas extraire de l'eau juste en extraire de l'adn juste en regardant l'os de moi ensuite on valises et détruire tout ce qui est la matrice osseuse pour mettre la dl en solutions puis ensuite on va avoir plusieurs étapes de purification de cet adn de concentration et de purification qui fait qu'à la fin dans ce petit tube dans le transparent qui ici on va retrouver notre adn anciens exemple après alors je rentre pas dans les détails

27:00 méthodologique mais on va le préparer pour le séquençage va lui rajouter des petits ponts qui vont lui permettre d'être reconnu par la machine qui va faire le séquençage et puis on va l'amplifier un petit peu parce que on travaille avec des concentrations qui sont bien plus faibles que celles que qu'elle et ses concerts sont habitués et donc ça on va le mettre après dans cette grosse machine qui va faire elles mêmes le travail de prendre la molécules biologiques et de déterminer l'ordre des paires de base à l'intérieur de cette molécule d'origine et va nous ressortir à la fin ce genre de fichier ici qu'il a correspond donc là à de l'adn ancien chaque quatre lignes correspondant à une séquence d'adn ancien avec les mondes la séquence l'ordre des paires de base c'était gct etc etc puis un critère un

27:47 critère de qualité puis ça recommence des lignes comme ça on en bas des millions voire des milliards alors que faire déjà essayé de retrouver ses petits à l'intérieur de reconnaître ce qui est de l'adn humain de ce qui est de l'année non humains et pour ça on va les aligner sur le génome de référence et se retrouver après avec quelque chose d'un peu plus manipulable ou là on va savoir que cette séquence c'était gtt à elles s'allument sur le chromosome 1 à la position 50 2179 mais que cette séquence ici à cct a et ses salines toujours sur le chromosome 1 la position 567 1676 etc etc alors déjà ça ça va nous apporter un certain nombre d'informations la première information que ça va nous apporter ses des tables mais le sexe

28:33 biologique on en a déjà parlé les hommes les mâles ont un chromosome x et un chromosome y les femelles ont deux chromosomes x et pour chacun des autres chromosomes les autonomes et bien on a deux représentants de deux représentants de chaque chromosome si on regarde le nombre de fois en moyenne qu'un qu'une position sur chacun des chromosomes et couverts on va obtenir ce genre de graphiques donc sur le chromosome 1 / proposons deux bons vous voyez qu'on n'a pas énormément différent ça devient un peu un peu plus aléatoire sur des chromosomes plus petit parce que parce que on a plus de me on a beaucoup moins de séquences qui vont s'aligner dessus on a plus de facteurs aléatoires qui vont intervenir et vous

29:20 voyez ici que le chromosome x il est à peu près équivalent en termes de couverture il ya à peu près en moyenne le même nombre de positions qui sont couvertes pour chacun pour pour le chromosome x que pour les autres chromosomes les autres photos ici un autre exemple où on appareils ou un certain nombre d une certaine couverture pour chacun des chromosomes et vous voyez ici que le hic c'est deux fois moins couverts que les autres et que le y est deux fois moins couverts aussi que les ici on est face à une femme et là on efface and donc on va on n'arrive même avec très peu de données génétiques à déterminer le sexe biologique des individus juste en comptant le nombre de positions de fragments d'adn qui correspondent à chacun des cours aux zones sûres sur après cette analyse

30:09 extrêmement rapide donc ce qui est très intéressant c'est que c'est complémentaire des analyses bio archéologiques bon déjà on peut vérifier qu on est bien d'accord mais bien en concordance c'est généralement casse quasiment toujours le cas mais ça va permettre de déterminer en particulier le sexe biologique d'individus pour lesquels on peut pas déterminer de façon bio archéologique pour lesquels le bassin n'est pas bien préservés ou pour lequel le bassin est encore immature donc pour tous les bébés enfants adolescents ou on n'a pas encore de différences morphologiques marquées entre les hommes et les femmes bien sûr des bio archéologues ont le problème de la préservation du bassin nous on a le problème de la préservation d'alien si la belle est pas préservée cette analyse n'est pas n'est pas possible

30:55 donc je reprends le processus sont les aligne sur le génome de référence et puis après on va regarder par rapport à ce que j'ai donc deux référentes pas ou est ce qu on a des différences extraire ces positions qui sont différentes du génome de référence on va voir après toutes les étapes de filtration pour être bien sûr que nos positions variables sont bien référencées dans les données déjà connues et on va à partir de là à pouvoir déterminer d'autres d'autres d'autres données une autre donnée qui est intéressant de ça va être de déterminer les relations de parenté biologique entre des antiques donc sur le principe lorsqu'on a un mariage de sandra couples avec des enfants qui sont nés et bien les enfants vont hériter de la moitié du patrimoine génétique de leur père de la moitié de l'armée donc entre ce parent est cette enfant ou à

31:42 50% de l'adn qui est totalement identique à quelques dizaines de mutation craie et 50% qui va provenir de montres par an de sa mère et donc il va avoir comme différence la différence moyenne qu'on va retrouver dans la population et donc on peut en regardant l'adn si on a des individus qui ont 50 pour cent du génome totalement identique entre 50 % qui sont similaires à la diversité génétique de la population estimé qu' palettes par an supposons maintenant que cet individu est un frère elle tient ce frère va voir l'été aussi de 50 pour cent du génome de son père donc on va avoir un quart de son génome qui va être identique provenant du père à son autre frère il va avoir hérité de 50 pour cent du

32:27 génome de sa mère donc dans 2 5% là aussi qui m identique mais provenant de la mer à son frère et donc parents enfants frères soeurs on va avoir de la même façon 50 % identique entre les individus 50% similaire à la diversité génétique qu'on va retrouver dans la population et puis on peut s'amuser ainsi à poursuivre les générations si cet individu se marie à nouveau avec quelqu'un de sa population il a des enfants bien on va avoir 25 pour cent du génome de ce petit fils qui va être identique à celui de son grand père et 75% mais on va retrouver le même nombre de différences moyenne qu'on retrouve dans la population et pour cet individu pas même principe il va aussi avoir 25% qui va être identique à celui de son ombre et 75% et dans similaire à la

33:13 diversité génétique de la population dans laquelle il se trouve et si cet individu là aussi des enfants bien entre les cousins germains on va avoir 12 points 5 % qui sont identiques entre eux entre cousins germains et 90 87,5 similaire à la diversité génétique bon généralement à la génération d'après avec un degré gêne supplémentaire de d'écart on va avoir du mal à le déterminer en deux façons par la génétique puisqu'on va avoir trop peu de portions qui vont être vraiment identiques et les trop de portions qui voit titulaire à la diversité génétique de la population donc en fait en génétique on va considérer qu'à partir de cousins germains après cousins germains des individus ne sont plus apparentes et sur le plan biologique à la définition d'apparentement telle

33:59 qu'elle est donnée par la génétique on peut avoir un apparentement ou peut considérer la proche qu'on est de la même famille que son cousin issu de germain mais sur le plan génétique en fait vous partagez très très peu de positions qui sont exactement identiques empalot génétique on est en plus soumis à la dégradation de l'adn qui permet même parfois même pas d'aller chercher des degrés d'apparentement aussi éloignés que cousin jean ce type d'analysé on l'a fait donc sur un sur un couple d'individus deux individus qu'on a retrouvé un qui ont été retrouvés lors de fouilles qui ont été menées par bertie lyonnais dans le sud-caucase sur le site de manage tp donc ils incitent du début du néolithique dans le sud caucase et lors de ces fouilles dels avait un avait retrouvé donc ces deux

34:44 individus a pas enfin étroitement enlacés l'un à l'autre et la navy savez la nati bio archéologie qui avait effectué par leur coeur qui avait déterminé que c'était deux adolescents mais donc que la morphologie du squelette était ne permettait pas de déterminer le sexe de ces individus ont déjà avec la la génétique on a pu déterminer si ces deux garçons et en regardant la diversité génétique qu'on retrouvait entre ces deux individus comparé à d'autres individus si toute la diversité génétique on retrouvait dans un autre dans un autre site archéologique situé pas très très éloignées bah on s'est rendu compte que eux lors la quantité de différence qu'on voyait correspondait un apparentement au premier degré alors ses deux garçons ne

35:32 peuvent pas être mère et fils ces deux adolescents donc ils ne peuvent pas être père et fils donc ces deux ses deux enfants au en ac il était donc deux frères qui ont été inhumés de cette façon là de façon extrêmement extrêmement proches donc l'intérêt de la paléogénétique dans ce cadre là ça fait donc de déterminer les relations de parenté biologique ça donne accès à une donnée qui étaient considérés comme inaccessibles autrement on lorgne avec quelques tentatives qui a été fait sur certain caractère discret héritable pour déterminer des relations de parenté génétique mais mais de toute façon on ne peut pas déterminer quelle est la distance justement le degré parenté entre ces deux individus mais c'est une cb des résultats qui étaient assez discuté là on a elle donné qui est

36:18 indiscutable ce qui est intéressant c'est que ça va permettre de comparer la parenté biologique et l'apparenté sociale quand des individus sont enterrés dans la même structure est ce que c'est ce qu'ils sont apparentés biologiquement est-ce qu'ils sont pas apparentés biologiquement s'ils ne sont pas apparentés biologiquement qu'est ce qui fait qu'on va les retrouver ensemble c'est c'est quelque chose qui est très enrichissant et qui va pouvoir permettre de donner un autre regard sur les sites archéologiques cependant il faut bien noter qu'elle est limitée au deuxième et au troisième ou au troisième degré et que donc ce que nous on voit comme degré de parenté biologique peut être assez différent de ce que je voyais comme degré de parenté biologique et si on prend l'exemple de louis 15,1 louis 15 sur le plan social n'est clairement apparenté à l'omi 14

37:03 ans hélas hélas dont il tire son statut social c'est là donc il tire sa position dans la société sauf que il est apparenté comme étant à l'arrière petit fils est donc un degré de parenté biologique qui a priori ne serait pas visible en génétique donc on aurait pas de parenté biologique elle serait invisible mais il ya quand même une parenté social qui est très claire et même une parenté biologique qui existe donc toujours garder en tête que la paléogénétique si elle ne voit pas de lien de parenté c'est peut-être que les liens de parenté sont trop éloignés pour nous pour la génétique mais pas forcément trop éloigné pour les individus qui le vivent et puis le dernier point qui a c'est important aussi c'est que il faut pour récupère de l'adn qui soient préservés de bonne qualité pour où les deux individus dont on veut tester la relation de parenté ou si on veut tester la relation de parenté

37:50 au sein d'une nécropole le maximum d'individus possible est ici nos deux individus qui étaient en lacets provenait du d'une sépulture collective sur lequel on m'avait un prêt d'une trentaine d'individus qui étaient enterrés plus d'une trentaine d'individus qui étaient enterrés les uns avec les autres vraisemblablement au même moment un très bel exemple de un très bel exemple de population tels que justement les recherchons en paléogénétique et pour ces individus on a pu obtenir des informations génétiques que pour 4 donc mt 23 mt 26 1 2 les deux ans lui deux adolescents ont menacé le premier qui est ici et le numéro 7 qui est là donc on a retrouvé pas de lien de parenté entre les autres individus mais

38:37 peut-être que peut-être qu'en fait si on n'allait plus à barres de l'adn pour plus d'individus au sein de cette sépulture on aurait pu potentiellement retrouver plus de lien de parenté et donc mieux comprendre la manière dont la sépulture était un organisme dernier point une fois que on a récupéré tous ces variants qu'on les a comparé les uns avec les autres on peut s'intéresser également une comparaison avec tous les autres génomes qui sont disponibles dans les bases de données alors tout ça quand génétique génétique et pathologie d'une tique lorsqu'on veut publier un article nécessaire de donner c'est donner de mettre ces données à disposition des autres chercheurs dans des bases de données publiques ce qui nous permet donc de comparer facilement par rapport aux autres études paléogénétique qui ont été effectués

39:25 alors un mot celles qui sont la génétique des populations c'est un champ énorme de la fin c'est quelque chose qui est extrêmement vaste toutes mes excuses et je vais pas rentrer dans les détails statistiques et toutes les méthodes statistiques qui permet de faire de la génétique des populations parce que 30 minutes très bien trop court et puis je pense que je laisserais beaucoup de gens assez rapide je suis je vous en présenter une qui est la plus visuelle et qui est toujours à la première qu'on effectue qui est une analyse descriptive l'analysant composante principale le principe sont pas comparer les individus 2 à 2 et on va les représenter sur une figure de telle façon que plus ils ont de différences génétiques mais ils sont éloignés génétiquement plus ils vont être éloignés sur l'analyse en composant principal c'est un peu ce qui représente

40:11 est ici plus les individus sont éloignés par exemple ces individus ici de asiatiques sont très éloignées génétiquement des populations ici bédouine ou des populations européennes qui sont représentés ici sur cette figure se représenter en grès des populations eurasiatique actuelle donc de proches moyen-orientale asie de l'est asie du sud europe europe ici et sont représentés en couleurs différentes populations aux différents individus anciens donc de différentes origines géographiques et on a effectué cette analyse pour voir comment nos individus de match tp donc les deux frères mt l'emprunter 26 films des autres c'est dur qu'on avait séquences et se situer par rapport aux

40:57 autres populations contemporaines de son mandat est ce que ça nous permettait de retracer l'histoire de cette population et son origine ce dont on s'est rendu compte c'est que comparativement des individus eux mêmes des tribunes sont situés ici comparativement aux chasseurs cueilleurs du sud caucase il a 10 ans était à s'éloigner des chasseurs cueilleurs du sud caucase pour lequel on avait des données génétiques il était intermédiaire en fait entre ces populations du sud caucase mais olivier de chasseurs qu'une heure et les premières populations d'agriculteurs provenant en rose pâle du levant et en vert clair d'un atout pour qu'on avait une population qui était intermédiaire et qui en fait via d'autres analyses statistiques on a pu démontrer qualité

41:44 et qu'elle était issue d'un métissage entre eux les chasseurs cueilleurs logo et les premières populations d'agriculteurs d'anatomie fin du croissant fertile alors l'une des difficultés qu'on a c'est quand je dis les chasseurs cueilleurs locaux c'est ce qui semble plus logiquement fait ces populations de chasseurs cueilleurs du sud caucase sont à peu près 1 différenciables génétiquement des population iranienne contemporaine donc peut-être la solution en fait pas un métissage entre ces populations iranienne contemporaine et les compilations du croissant fertile à l'atelier donc cette les analyses donc de comparaison entre populations ciel vous permet de quantifier l'importance de ces migrations pour les individus de malte

42:30 stp voir que c'est à peu près un tiers cette population ou iraniennes néolithique ou de chasseurs cueilleurs du caucase et un tiers de population d'anatolie proche orient deux tiers de population d'un acte du proche orient on va pouvoir dater ces migrations également en regardant la manière dont ces variants génétiques provenant de telle ou telle population se différencient est là pour cette ce cas là on a obtenu une datation qui était très récente quelques générations seulement avant la naissance des individus qu'on regardait ce qui est très intéressant quand on met en regard du contexte archéologique vu que la culture chouchou la verrie à l'accès à ces individus appartiennent et une culture qui est très récente à ce moment là donc on aurait sans doute une culture qui serait né de l'interaction du métissage entre ses côtes et différentes populations prochain et mentale et puis

43:18 d'autres études alors que là on n'a pas fait ce domaine tftp qui ont été faites dans d'autres cas pour déterminer si on observe un bienne en fonction du sexe biologique est ce que c'est une migration un métissage qui plus tôt mené par les hommes plutôt menées par les femmes donc ces analyses ont été faites dans plein de contextes différents avoir principalement des contexte européen et eurasiatiques de façon générale mon permis par exemple de comprendre que la population européenne actuelle est issue d'un métissage entre trois populations des populations de chasseurs cueilleurs ancien une population qui arrivait au moment du néolithique début du néolithique provenant d'un atelier une autre population qui est arrivé à la fin du néolithique début de l'âge du bronze provenant provenant du cren par des steppes antique on peut mettre également

44:06 en évidence que cette deuxième migration c'était surtout des hommes des stades entiers qui connaît et qui se sont métissés avec des femmes des femmes locales ce qui est intéressant encore c'est d'établir de voir si on peut établir des liens entre ces changements culturels et génétiques ou pas typiquement à l'arrivée du néolithique en europe elle est très clairement corrélé à l'arrivée de ces populations anatolienne en revanche à l'âge du bronze on a des phénomènes culturels qui se passe mais qui sont pas forcément toujours corrélées à la présence dans le pool génétique des individus qu'on étudie de ses métissages avec avec les populations les populations des statues antiques donc mettre en regard d'un signe ces changements culturels ces changements démographiques populationnelle essayer

44:51 de comprendre s'il match bon c'est plutôt simple d'essayer de comprendre l'origine si on n'a pas de relation si le match va essayer de comprendre pourquoi on a pas qu'est ce qui s'est passé c'est de démêler les fils de ces de ces modifications et puis l'autre aspect sur lequel je veux insister c'est que cette joueuse elle toutes les données doivent être déposés dans des bases de données publiques donc on a une base de données de référence en cours d'élaboration à chaque individu correspond à un génome de plus ou moins bonne qualité séquencer et est disponible les couleurs correspondent aux différentes périodes je rentre pas dans les détails mais vous voyez qu'on a quand même une sur représentation de certaines régions géographiques en particulier tout l'ouest de l'eurasie une

45:37 sous-représentation d'autres régions géographiques généralement liées à difficulté d'obtenir de la dn1 bien préservés dans ces régions où il y ait parfois des contextes des contextes politiques en particulier par exemple les populations d'amérindiens sont très réticente à laisser des analyses génétiques s'effectuer sur les restes de leurs ancêtres et puis et puis un dernier un dernier point c'est encore une fois ce degré de précision nous quand on va étudier des populations au final on n'a pas forcément dans la génétique un degré de précision qui équivalent à celui qui pourrait être obtenu un des archéologues pour pour établir des catégorisations des catégories archéologiques et si je

46:22 reprends l'exemple ici de mai chasseurs cueilleurs du caucase a comparé par rapport aux agriculteurs iranien bah on ne voit pas vraiment de différence génétique alors quand on a des centaines des 10 km qui les séparent des modes de vie qui sont différents et tout un contexte culturel qui est extrêmement différents l'autre difficulté qu'on obtient avec les datations génétique c'est qu'elles sont souvent extrêmement imprécises et donc souvent pas à très utilisable de fête et dernier point avant avant de conclure je reviens donc sur sur cet adn sur cette information génétique qui non seulement est intéressante parce qu'elle est transmise de génération en génération et permet donc d'étudier les événements démographique qui ont pu se passer mais aussi parce qu'elle contient

47:08 ces jeunes qui vont connaît pour des traits phénotype et donc à partir des données d'apn ancien est ce qu'on peut reconstruire le phénotype l'apparence des individus ancien des individus du passé alors oui mais c'est toujours très compliqué déjà parce que le lien entre l'adn et l'apparence des individus restent mal connus après tout ça ne fait que 20 ans qu'on a séquencé le génome mans il ya encore énormément d'études qui sont faites pour essayer de bien comprendre un pas de chaque gène dans la biologie et dans le fonctionnement biologique de l'enquêté l'autre difficulté est bien c'est que on a aussi un impact de l'environnement nous ne sommes pas que notre génotype notre apparence notre biologie va aussi dépendre de l'environnement dans lequel on

47:53 typiquement la couleur de la peau est quelque chose qui est codé génétique on l'a on connaît très bien le les gènes qui interviennent l'impact de chacune des mutations simplement votre couleur de peau codé génétiquement elle va évoluer au fur et à mesure de l'année si vous vous mettez au soleil votre peau va foncer grâce à l'impact des uv sur votre sur votre sur votre peau ce qui est vrai pour le cas de la couleur de la peau est en fait vrai dans énormément de cas la taille typiquement est quelque chose qui est extrêmement bien quand on sait que ses côtés génétiquement c'est extrêmement génétique séisme ça dépend vraiment de très très fortes héritabilité ça dépend de la taille de vos parents simplement suivant l'environnement dans lequel vous allez grandir la qualité de la nourriture que vous allez recevoir pendant votre

48:39 enfance vous allez aussi atteindre une taille plus ou moins important donc on a cette difficulté qu en fait un phénotype il est lié au génotype lille est bien à l'adn mais il est lié aussi au facteur environnement et la deuxième difficulté qui va être plus spécifique de l'adn ancien sait qu'on va avoir besoin d'avoir des génomes de très bonne qualité ce qui est souvent difficile quand on va travailler sur des individus dont l'adn est dégradée est typiquement mais individus de mettre des shoots et plus j'en ai bien aimé aller regarder telle qu'elle était alors fait le team mais malheureusement le génome n'était pas l'éternité suffisamment bonne pour qu'on puisse aller allait s'intéresser à ces aspects là cependant on peut quand même essayer de déterminer quels étaient l'apparence des individus du passé si je vous ai dit en europe on a trois

49:25 populations qui sont à l'origine des populations européennes actuelles un travail de migration une belle étude phénotype très très différents les derniers chasseurs cueilleurs mésolithique avaient plutôt la peau foncée des cheveux foncés et des yeux clairs les yeux bleus les premiers agriculteurs néolithique arrivée du proche orient avait au contraire la mutation génétique qui cause une des mutations mutations génétiques principal qui causa populaire mais avait des yeux sombres et des cheveux sont sains et canton population des steppes antique là on se retrouve avec une certaine diversité une peau claire également mais des cheveux qui vont des yeux qui peuvent être son groupe l'eire et des cheveux qui peuvent être s'ouvre sous l'eau claire donc si on prend un peu le phénotype à régnant tels que l'extrême droite elle aime à le définir avec la peau la peau claire les

50:12 yeux bleus et les cheveux blonds en fait s'il fait le type n'est pas celui d'une population pur si tenté que ça existe ou n'existe pas mais n'est pas celui d'une population pure mais elle le produit de variants génétiques qui sont venus de trois populations différentes qui se seront bêtise est certaine pour apporter le phénotype bleus d'autres pour importer le phénotype teint clair et d'autres encore pour apporter le phénotype cheveux blancs là où ça peut être encore plus intéressant plus que cette représentation de ces populations du passé là où ça peut être encore plus intéressant c'est d'essayer de comprendre aussi le fonctionnement la manière dont fonctionnement des organismes ont évolué et en particulier ont évolué en réponse à des changements culturels et des changements de mode de vie extrêmement important le changement de mode de vie le plus important que l'humanité ait connu récemment c'est

50:57 quand même le passage d'un mode de vie chasseurs cueilleurs à un mode de vie agriculteurs éleveurs avec une alimentation qui a changé de façon drastique et on voit également effectivement que dans les populations européennes par exemple on a une capacité de digérer le lait à l'âge adulte qui augmente un variant génétique permet de digérer le lavage a dû augmenter en fréquence au cours du temps mais qu'une nouvelle adaptation à un aliment qui n'étaient pas présents dans l'alimentation des chasseurs cueilleurs qui devient présent dans l'alimentation des éleveurs le lait et on voit également toute une pression de sélection assez récente la russie sur des jeunes qui vont permettre de transformer des liquides d'origine végétale en lipides que normalement on retrouve dans une alimentation riche en

51:45 animaux et donc là on voit aussi un changement de mode de vie une pressante sélection qui augmente associé à ce changement de mode de vie qu'on peut suivre en direct grâce grâce à l'étude de ces variants génétiques bref je conclus alors je conclus en dix ans déjà qu'on est sur une discipline qui relativement jeunes l'idée d'aller regarder l'adn trouvent dans des échantillons anciens ça n'a que 35 ans l'idée d'étudier les génomes de ces individus ou s'est permis par des développements méthodologiques qui sont assez récents donc la paléogénomique l'accès aux génomes de ces individus anciens n'a qu'une grosse dizaine d'années on est sur la discipline jeune qui est encore en train de de tâtonner et de s'émerveiller de tout ce qu'on va pouvoir retrouver comme information et de le prouver aussi ses limites

52:31 mais quoi qu'il en soit malgré ces difficultés associées à la qualité très variable de la ned en fonction de l'âge de 7 à des aides sont d'origines géographiques également de facteurs environnementaux on va pouvoir reconstituer ces caractères phénotypiques dents le sexe de retrouver l'apparence de ces individus et le fonctionnement biologique de leur organisme et puis surtout s'intéresser aux origines de ces individus que ce soit les relations familiales les arbres généalogiques reconstituer les arbres généalogiques mais également des relations à long terme pour étudier les événements démographique de migration de métissage de croissance de population et cetera et cetera la paléogénétique a un double intérêt cette édition qui se situe à l'interaction quand même entre les disciplines historiques archéologiques d'un côté et les disciplines biologique

53:17 et si je vous ai beaucoup présenté des questions ou la paléogénétique essayer de répondre à des questions historiques des questions archéologique on a également un développement de plus en plus important de la paléogénétique pour des problématiques biologique pour essayer de mieux comprendre comment s'est passé l'évolution de l'espèce humaine et son adaptation à différents environnements au cours du temps et par exemple je suis actuellement sur un prochain en collaboration avec l'institut pasteur ou à partir de données paléogénétique on va essayer de déterminer si la peste noire a eu un impact sur la biologie des individus et puis là je vous ai présenté quelques quelques méthodes qui sont maintenant qu'il commence à être bien rodé mais il ya beaucoup de pistes de développement qui sont en cours alors que ce soit sur une plus grande précision dans la

54:03 comparaison des populations qui sera permis par une amélioration des bases de données et plus grande quantité d'individus dans ses bases de données meyer séquençage de ces individus des questions qui vont être plus là pour essayer de le comprendre comment les structures sociales ont évolué au cours du temps et en particulier les règles de mariage du duc en ayant accès aux génomes des enfants on peut essayer de reconstituer les règles et pour présider aux unions de leurs parents et puis d'autres d'autres choses qui sont plus compliquées mais essayer de déterminer l'âge au décès des individus au fur et à mesure du temps on a des marques qui s'imprime au sein de notre génome plus on est vieux plus ses marques vont être biaisé d'une certaine façon et on se demande si en essayant d'aller retrouver ses marques dans le génome des individus

54:50 anciens on va pouvoir reconstituer l'âge auquel ils sont décédés ce qui serait ce qui serait un apport majeur en particulier pour les enfants on arrive à déterminer l'âge au décès est assez facilement mais pour les adultes c'est beaucoup plus difficile donc voilà ces pistes de développement sur la paléo la paléogénétique qui nous permettrons j'espère dans quelques années nous retrouver en millions plein de nouvelles informations à à vous apporter voilà merci beaucoup pour votre attention et puis je suis à votre disposition si vous avez des questions merci beaucoup c'était extrêmement riche et passionnant on va appris énormément de choses à la fois sur la méthode et puis surtout sur ce que ça peut nous apprendre sur la

55:38 connaissance de bd de l'homme etc c'était vraiment est extrêmement intéressant alors je regarde s'il y a des questions parmi les les auditeurs soit par le biais du chat soit aidé évidemment directement en prenant la parole et on prend le micro peut-être pour laisser eu d'éventuelles questions le nom laisser le temps de mûrir je me disais en vous écoutant j'imagine qu'il y a aujourd'hui des enjeux très fort ou pouvoir même peut-être des enjeux géopolitiques autour de ces

56:24 questions là il y at il une forme de pression qui peut s'exercer par des gouvernements sur les scientifiques pour régler des questions de frontières par exemple entre états ou est ce que c'est une arme au service d'un pouvoir dont possiblement alors régler des questions passage on a peur on n'a pas de frontières qui ont été réglés grâce à raza de la génétique mais c'est clair que tout ce qu'ils considèrent comme toute la génétique des populations humaines d'une partie et de l'archéologie de l'autre oui c'est des enjeux qui sont peuvent être très facilement réutilisé par différents groupes politiques pour essayer de régler telle ou telle

57:11 question alors un des exemples les plus connus c'est particulièrement en amérique du nord où se pose la grande question qui étaient les premiers américains est ce que les populations autochtones sont réellement les plus anciennes et parce que elle demande une position particulière dans la société grâce à leur ancienneté sur ce territoire et donc oui on a eu des difficultés en particulier pour obtenir des autorisations alors moi j'ai pas traduit l'essentiel et sur ces sujets mais les laboratoires de paléogénétique ont travaillé sur ces sujets là pour obtenir l'autorisation d'annecy génétique des individus avec quand même un grand risque de bas si vous montrez que ces premiers humains en

57:59 amérique ne sont pas nos ancêtres ça me posera ce n'est posera des problèmes pour au final ça s'est bien passé c'était bien les ancêtres des populations amérindiennes actuelle donc donc tout va bien pas de pas de souci à ce niveau-là mais c'est vrai qu'on a une réutilisation des données de la paléogénétique qui effectivement sur le plan politique parfois assez sensible après moi j'ai jamais vraiment vu de 2 à part ce cas-là particulier des populations autochtones en amérique l australienne par les aborigènes d'australie également on n'est pas gêné non plus pour faire pour faire de la sortie par ses enjeux politiques très bien merci j'ai quelques personnes qui se déconnectent

58:44 ans pour remerciant de cette communication très très éclairante jeu résulte est le dans le public une question alors j'en ai une dans le chat on me dit at on pu observer au niveau génétique d'autres espèces accompagnant la migration humaine c'est une question qui est extrêmement intéressante oui tout à fait alors on a typiquement la migration novethic en europe elle est accompagnée d'une migration de tout le bétail donc les ports les boutons eu des bovidés et c'est qu'on retrouve au néolithique en europe proviennent également également

59:31 du prochain rien pas ce qui est intéressant c'est qu'après dans certains cas par exemple pour pour les cochons les ports il ya un métissage avec les populations locales qui va ensuite brouillé ce message des migrations provenant de provenant du néolithique pour les canidés la question est encore en discussion mais deux ou a été domestiqué le chien ce qui est pas encore extrêmement clair et quelles sont les différentes migrations qui sont passées mais on voit également que sur les chiens des phénomènes de métissage pour les chevaux pareil on voit également une migration des chevaux à partir du berceau en venant d'asie centrale mais là encore à chaque fois c'est des espèces que ce soit les canidés ou des

1:00:16 chevaux pour lesquels on va pouvoir avoir des métissages avec les populations sauvages locales qui vont venir un peu brouillée voyez le message l'autre aspect c'est on peut suivre aussi tient au muséum une équipe qui s'intéresse à pas les espèces domestiques mais les des souris voir comment les souris ont accompagné la migration des humains ballan colonisé leur grenier à blé et puis en se déplaçant de grenier à blé au grenier plaît et on voit aussi un message qu'il est sous les 2 7 de cette migration des mythiques bien merci beaucoup pour cet pour cette réponse qui satisfait pleinement par là la personne qui l'a posée yat-il éventuellement une dernière question

1:01:03 peut-être je n'en vois pas dans le dans le tchad mais écoutez il me reste madame bouin à

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